首都儿科研究所是新中国第一家儿科医学研究所，前身是中国医学科学院儿科研究所，成立于1958年。1983年归属北京市卫生局，正式更名为首都儿科研究所。1986年首都儿科研究所附属儿童医院正式成立，2025年更名为首都医科大学附属首都儿童医学中心。2014年，首都医科大学附属首都儿童医学中心成为第一批国家住院医师规范化培训基地，现有儿科及儿外科2个专业基地。2018年，获得第二批国家试点专科培训基地，现有新生儿围产期医学及小儿麻醉学专科培训基地。

首都医科大学附属首都儿童医学中心为三级甲等医院，2025年门诊量253.4万余人次，住院病人4.8万余人次，住院手术量1.3万余人次。拥有呼吸、重症医学2个国家临床重点专科、全国小儿微创外科治疗中心和疑难危重患儿治疗中心、全国日间医疗治疗规范化管理哨点医院，是国家新生儿保健特色专科建设单位、国家卫计委卫生行业专项课题先天重大畸形治疗技术科技攻关牵头单位、中国出生缺陷救助“示范基地”、中国医师协会儿科呼吸内镜医师培训基地、中国儿童糖尿病管理中心、中华医学会新生儿学组委员单位等，是首都医科大学胎儿新生儿外科临床诊疗与研究中心、北京市级危重新生儿救治中心、北京市/朝阳区危重新生儿转会诊指定医院、儿科学科协同发展中心（东区）牵头单位、呼吸道疾病诊断治疗中心、北京市新生儿学组组长单位等，是北京市紧密型儿科医联体、京津冀医联体、北京市朝阳区儿童医联体等的核心医院，是北京市卫生健康委员会、北京市残疾人联合会确定的0-6岁儿童视力、听力、肢体残疾(含脑瘫)、智力残疾和孤独症诊断评估机构。